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从非典流行看，我国公共卫生领域存在的问题主要有：
（１）缺乏强有力的国家权威指挥中心。从抗击非典的成功经验来看，很重要的是要首先建立强有力的国家权威指挥中心。否则，政府各部门及系统之间就难以进行有效和快速的协调，而中央和地方政府之间也无法形成统一和高效的应对机制。在突发公共卫生事件面前，多部门处理协调机制未建立起来，中央和地方纵向管理机制与授权不明确，属地化管理未予实施，人们往往认为这只是卫生部门应该管的事，而卫生行政部门并没有形成强有力的权威性。
（２）国家疾病预防控制中心的权威性尚未确立。由于历史的原因，全国疾病预防控制体系与医疗体系过度分割，信息沟通不畅，加上“重医疗，轻预防”的惯性思维，疾病预防控制工作往往比较被动。国家疾病预防控制中心成立时间不长，与地方疾病预防控制中心的有效工作机制尚未完全形成。突发公共卫生事件发生后，国家疾病预防控制中心不能及时收到有关疫情信息，无法快速提供政府决策依据；国家统一的监测体系缺乏，数据多头管理，多种结果，难以正确选择；政府业务管理授权尚不明确，国家疾病预防控制中心对地方的业务指导必然偏弱。
（３）缺乏高素质的应急反应队伍。由于传统思维和市场价值导向的作用，全国疾病预防控制队伍人才流失严重，现有人员的年龄结构和专业结构明显不合理，总体上不适于应对未来多发的突发公共卫生事件；从工作要求来看，急需足够的公共卫生知识扎实、知识面广、现场实践经验丰富的应急反应队伍。
（４）缺少完善的法律支持与保障机制。从非典流行可以看出，疾病预防控制工作涉及个人、家庭、单位、部门和地方的利益，需要从国家、民族、大众的整体利益出发，寻求法律支持与机制保障。尽管我们已经制订了一些法律，但尚不完善和齐备，而刚公布的法律还需要宣传和贯彻，人们自觉遵守也需要一个过程。与之相应，有关的保障机制尚未完全形成，法律的执行和监督还需进一步落实。
（５）公共卫生事业长期投入不足。公共卫生事业是国家重要的公益事业，不能自己盈利，完全依靠政府支持。在国家从计划经济体制向社会主义市场经济体制的过渡阶段，如果没有严重的突发公共卫生事件发生，人们对公共卫生的重要性和紧迫性很难认识到位，从而也影响对它的正常投入，以至累积了大量问题，必然从根本上影响国家进行疾病预防控制的能力。
参考资料7：
根据我们对人类健康问题的认识和对疾病谱迁移规律的把握，结合这次非典流行中暴露的我国公共卫生领域存在的问题，并学习借鉴国际上公共卫生工作的成功经验，我们认为应该从以下方面加强我国公共卫生服务体系的建设。
（1）加强疾病预防控制体系的建设。改善现有的疾病监控设施与手段，开展疾病科学研究，完善监测的预警机制。加强对传染病的预防控制，尤其是重大、新发传染病防治和计划免疫工作，以及慢性非传染病及其伤害的防治。同时，重点解决死因监测和重点危险因素的控制。
（２）加强公共卫生监测系统的建设。要重点解决信息来源的整合问题，建立国家公共卫生信息大平台，以及相应的信息发布、报告和反馈制度，保证信息真实、准确、及时和透明。
（３）加强突发公共卫生事件应急体系的建设。主要指应急指挥系统和应急队伍的建设，其中信息网络和应急救治条件建设以及骨干人员的培训尤为重要。此外，要抓紧应急预案的研制及演练，发现问题及时解决，不断完善。